La peculiarità della chiesa, la sua unicità, risiede nell’essere costituita da due strutture differenti unite tra loro. Eretta nella sua prima architettura nel XI secolo, la chiesa inferiore è caratterizzata da una raffigurazione del Cristo Pantocratore, ed attraverso la stessa si accede al secondo edificio, sopraelevato. La chiesa superiore, più recente di due secoli, è orientata in senso opposto a quella che vi si apre al di sotto; entrambi gli ambienti sono accomunati dalla distinzione in tre navate e da splendide opere contenute.
La facciata lascia appena intuire la caratteristica costruzione, e si compone di elementi che abbracciano gli stili romanico e gotico, la porzione posteriore è quella ove si vede la torre campanaria.
La chiesa dedicata al martire San Flaviano, è basilica minore e simbolo della fede di Montefiascone.
